尽管心有不甘，在暂时丧失航空战力这种相当不利的境遇下，栗田健男只好率领舰队主动退出战斗。借着雨幕的掩护，日本南方面舰队残存舰只最终得以摆脱美军太平洋第1特混舰队强势的空中打击，而3艘巡洋舰、3艘驱逐舰连同两百余架舰载机、三千多名官兵则就此消陨在了菲律宾东南海域……
菲律宾海一战，实力强大的美国太平洋第1特混舰队以微不足道的代价换来了一场酣畅淋漓的大胜，彰显海军航空兵技术革命性发展带来的丰厚回报。海战结束后，哈尔西率领舰队再次逼近吕宋岛，对日本驻军部队实施了第三轮空袭。由于技战术层面的劣势，日军驻防部队在这一轮打击中损失惨重，部署在吕宋岛及周边岛屿的陆基雷达站大多被摧毁，大量军事据点在遭美军轰炸后被菲律宾抵抗联盟武装攻破，日军在菲律宾培植的傀儡武装陷于崩溃，日军部队的伤亡也急剧攀升。如若美军舰队继续保持这种压迫性的攻势，只消一个月时间，日军将被逐出菲律宾的大部分地区。
在此期间，重新组建的日本联合舰队终于完成了兵力集结，一支以四艘战列舰、七艘航母以及六艘新式重巡洋舰为主力的庞大舰队浩浩荡荡杀向菲律宾海域，日本陆军和海军皆从东南亚各地抽调了航空兵派往菲律宾群岛，而持续的作战行动已使得哈尔西舰队消耗了三分之一的舰载机和相当一部分燃料弹药。对于这样的局面，无论参战者还是旁观者当中都存在两种论点：一种认为美国舰队一鼓作气地打垮日本海军主力，使战争的波及范围尽可能小、时间跨度尽可能短，以利于美国战后艰难复兴的经济保持向上的趋势；一种认为美国舰队应当避敌锋芒，返回夏威夷或新几内亚稍作休整，待日本舰队远离己方基地再寻找克敌制胜的决战机会。
将在外，军令有所不受。这句中国古语不但为中国的军事指挥官所推崇，在日本军队也时常成为军官们所引用的依据。联合舰队驶离本土海域之后，日军大本营和海军本部的各种见解、指示便只对舰队指挥者的决策起参考作用，面对实际状况采取何种抉择，舰队指挥官拥有绝对的决策权。
不过，古贺首次担任联合舰队司令长官就陷入了非常尴尬的处境。联合舰队此次集结被指责是史上效率最低的一次作战集结，从大本营发布命令到开拔居然历时152个小时，导致栗田健男的南方面舰队不得不在菲律宾海域独自对抗美国的主力舰队。一贯讲究高效率的日本海军倒不是因为骄纵自大而荒废了武功，这纯粹是东京大爆炸带来的后遗症——海军参谋本部和舰政本部原属的将领、官员多半在那次庆典中殒命，后补的军官和官员们都是临危受命，许多人根本不熟悉新岗位的运作方式，很多受征召的退休人员也是久疏战阵。在联合舰队重建集结命令下达后，驻扎在本土南部的第3舰队便由于补给物资迟迟不到位而无法开拔，第1和第2舰队则因东京大爆炸后投入一线救援而导致了大面积的人员伤病减员，直到舰队开拔，部分舰艇还有10%的缺员，而大批后备人员和海军官员多半在那次庆典中殒命，后补的军官和官员们都是临危受命，许多人根本不熟悉新岗位的运作方式，很多受征召的退休人员也是久疏战阵。在联合舰队重建集结命令下达后，驻扎在本土南部的第3舰队便由于补给物资迟迟不到位而无法开拔，第1和第2舰队则因东京大爆炸后投入一线救援而导致了大面积的人员伤病减员，直到舰队开拔，部分舰艇还有10%的缺员，而大批后备人员和海军官员多半在那次
联合舰队抵达菲律宾海域之时，驻扎在菲律宾的日军航空部队已持续48个小时未能监侦到美军舰队的踪迹，另有情报现实夏威夷美军似乎在为舰艇入港补充休整做大规模的准备工作。即便如此，古贺蜂一还是慎重地摆开了迎战架势，他令状况最好的两艘轻型航母连同部分轻舰艇编成侦察分舰队前往菲律宾东部海域进行战斗警戒，自己率领联合舰队主力在侦察分舰队后方两百海里处跟进，一旦侦察分舰队发现美军舰队踪迹，或是突然遭到敌人攻击，联合舰队主力立即以余下五艘航空母舰所载舰载机发动反击。
接下来的三天，日军出动舰载机三百多架次、陆基飞机两百多架次，对菲律宾以东海域进行了大范围、远距离的侦察，结果未能捕获美军舰队的踪迹，反而是夏威夷的谍报人员传回一条内容模糊的情报：望见美国舰队驶入珍珠港，有战列舰、航空母舰多艘。
古贺以为美国主力舰队真的返航夏威夷进行休整补充去了，他没有料到，美国人为这场局部战争酝酿和准备了很长时间，一开战便迅速动员起整个国家的力量来，甚至极尽所能地借助外部力量协助作战。哈尔西指挥的美国太平洋第1特混舰队看似孤军深入，实际上并不缺乏后援，斯普鲁恩斯指挥的第2特混舰队便在其身后悄悄扮演着补给船队的角色，第1特混舰队消耗的舰载机和飞行员、因伤返航的轻舰艇及伤亡舰员均由第2特混舰队及时补充。除此之外，美军还将百分之九十的潜艇部队投入到了太平洋战场，为舰队作战提供警戒、侦察、掩护，对菲律宾日军的海上航线实施破坏，并且建立起了一条隐秘水下航运线，为菲律宾抵抗联盟武装运送各种装备、弹药、器械、人员，使菲律宾日军顾此失彼……